У всходов перца и томатов деформируются листья. Почему это происходит и что делать?    

Семядольный лист сеянцев томата или перца не редко бывает повреждем или отсутствует частично или полностью.

По моим наблюдениям причина в недостке влаги. Сухая оболочка препятствует нормальному разворачиванию листа, как следствие возникают различные дефекты листовой пластины. Бывает всход появляется с семечкой на том месте где должны быть листья. Снять такую семечку проблематично, а если не снять сеянец погибнет.

Наличие деформации листа само по себе не причина для паники. Делать с такими растениями ничего не нужно - это нормальное растение. Надо подождать. Если появились настоящие листья, значит точка роста не повреждена и сеянец продолжит свое развитие. Рваный семядольный лист скоро сменять пара настоящих и т.д.

>>> Как правильно снять оболочку чтобы не повредлить растение

Выживет ли сеянец без семядольных листьев?

Пример сеянца перца, который потерял оба семядольных листа. Фото не сохранилось, вначале это была палочка, торчащая из земли. Позже семядоли начали немного отрастать, позже появились настоящие листься. При хорошем освещении и наличии точки роста, такое растение выживет и догонит своих сверстников.